No tiene nada que ver, una mquina virtual con un pendrive, las maquinas virtuales siempre van dentro de un sistema operativo.
Los sistemas que se instalan en los pen, son sistemas operativos normales y corrientes, pero suelen ser mucho mas reducido a capacidades, para que quepa bien en un pen de 8gb por ejemplo.
La unica manera de hacer lo que tu dices, es instalar linux en un pen, y pinchar el pen al pc, una vez hecho eso, apagar el pc y encenderlo pulsando la tecla de boot menu y seleccionando el pen para bootear, asi iniciara el sistema desde el pen y no desde el disco duro de windows.
A su vez, tambien puedes meterte en la BIOS y configurar que cada vez que haya un pen en el pc, pruebe a bootear con el pen antes que con el disco duro, asi cada vez que quieras usar linux, solo tendras que meter el pen y encender el pc tan normal .