En FAT32 mejor no, puede tener problemas a la hora de pasar archivos grandes por ejemplo, creo que sería mejor en NTFSTienes 2 particiones en el pendrive no?
si es eso, entonces lo que tienes que hacer es formatear el pendrive, pero a bajo nivel, y volver a crear la tabla de particiones y ocupar el espacio completo con una única partición. En FAT32.
yo nunca he tenido problemas, ntfs no suele dar problemas con Linux, pero a mi me ha fallado alguna vez, con FAT32 nunca, pero vamos que si, también depende para loq ue vayas a utilizar.En FAT32 mejor no, puede tener problemas a la hora de pasar archivos grandes por ejemplo, creo que sería mejor en NTFS