Yo llevo mucho tiempo usando VirtualBox (principalmente para Kali Linux) y la verdad es que me va muy bien. Si que me ha dado algún problema que otro pero en general funciona correctamente. VMware no la he probado así que no te sabría decir pero dicen que va bien.
Decídete por la que más te convenza y te funcione mejor.
(Lo he editado porque había puesto muchas veces "bien" xD)
Yo en mi curso de informática utilizamos VirtualBox con Linux Ubuntu y la verdad que no nos ha dado ningún problema, aunque si luego queremos hacer algo en casa tiene que ser la misma versión si o si, sino da problemas de compatibilidad.