No entiendo muy bien lo que quieres decir, pero te voy a decir algo que yo uso.
Mi situacion es que utilizo kali linux arrancando desde el pendrive, que basicamente es bootear el pendrive, meter la iso de kali y desde la bios indicarle que arranque desde el mismo, no se pierde windowns, o cualquiera de los datos del disco duro
Si lo que buscas es instalar temporalmente kali linux, te recomiendo hacer eso, es menos lioso y mucho mas practico, bajo mi puto de vista es lo mejor.
Y viceversa también